1999年，由于数码世界资料异常增生，导致数码世界和现实世界的连接发生紊乱。地球上相应地出现奇怪的自然现象：东南亚没有下雨，池塘全部干涸；中东却因为连场大雨发生洪水,美国则遇到有史以来最寒冷的冬天日本则突降大雪。

11岁的少年八神太一和他的六个朋友一起参加了夏令营，却被神秘地送到了一个多彩的数码世界。在那里，他们得到了叫做“数码宝贝”的搭档。这些孩子被认为是数字世界的未来，他们与数码宝贝们一起要解开控制这个可怕的数码世界之谜。当他们踏上这个伟大的征程时，因特网成了他们的战场。   

进入数码世界的八神太一他们遇到了凶恶的怪兽贝壳兽，眼看大家都要被抓住的时候，太一的亚古兽忽然进化成为暴龙兽，拯救了他们。进化到底是怎么回事情？数码世界究竟是什么？无数的谜团出现在被召选的小朋友们面前。随着故事的发展，渐渐地数码宝贝变得更加强大，而小朋友们也开始明白友情的重要。

通过无数的努力和巨大的牺牲,孩子们终于战胜了极恶魔王,取得了胜利,坐公交车?返回地球。

数年后,数码世界又发生混乱,孩子们应招出动。