康熙二十一年(1681年)冬，清军攻破昆明，吴世璠自杀。

　　统一台湾

　　康熙二十年(1681年)，郑经中风而死，台湾郑氏王朝发生政变，年仅12岁的郑克塽继任延平王，大权实际上为冯锡范、刘国轩掌握，郑氏官员向心力开始动摇，负责与清朝谈和的傅为霖甚至愿当内应。姚启圣认为是进攻台湾的好时机，向康熙帝推荐施琅。

　　康熙二十二年(1683年)，康熙以施琅为福建水师提督，出兵攻台，在澎湖大败刘国轩所率领的郑氏海军，收复了台湾。康熙二十三年(1684年)，清政府在台湾设一府(台湾府)三县，即台湾县(今台南)、凤山县(今高雄)、诸罗县(今嘉义)，隶福建省，并在台湾设巡道一员，总兵官一员，副将二员，兵八千。在澎湖设副将一员，兵二千。从而加强了中央对台湾的管辖，促进了台湾经济文化的发展。

　　驱逐沙俄

　　从明末开始，沙俄远征军曾多次入侵黑龙江流域，烧杀抢劫，四处蚕食。康熙二十二年(1683年)九月，清勒令盘踞在雅克萨等地的沙俄侵略军撤离清领土。侵略军不予理睬，反而率兵窜至爱珲劫掠，清将萨布素将其击败，并将黑龙江下游侵略军建立的据点均予焚毁，使雅克萨成为孤城。但侵略军负隅顽抗。康熙二十四年(1685 年)正月二十三日，为了彻底消除沙俄侵略，康熙命都统彭春赴爱珲，数日攻克雅克萨城，即行回师，留部分兵力驻守爱珲，另派兵在爱珲、墨尔根(今黑龙江嫩江)屯田，加强黑龙江一带防务。

　　康熙二十四年(1685年)秋，沙俄卷土重来，再次占领雅克萨城。俄军这一背信弃义的行为引起清政府的极大愤慨。次年初，康熙接到奏报，即下令反击。康熙二十五年(1686年)七月二十四日，清军2000多人进抵雅克萨城下，将城围困起来，勒令沙俄侵略军投降。托尔布津不理。八月，清军开始攻城，托尔布津中弹身亡，改由杯敦代行指挥，继续顽抗。八月二十五日，清军考虑到沙俄侵略者死守雅克萨，必待援兵，且考虑隆冬冰合后，舰船行动、马匹粮秣等不便，于是在雅克萨城的南、北、东三面掘壕围困，在城西河上派战舰巡逻，切断守敌外援。侵略军被围困，战死病死很多，826名俄军， 最后只剩66人。雅克萨城旦夕可下，俄国摄政王索菲亚急忙向清请求撤围，遣使议定边界。清答应所请，准许侵略军残部撤往尼布楚。

　　雅克萨之战结束后，双方于康熙二十八年(1689年) 七月二十四日缔结了《中俄尼布楚约》，规定以外兴安岭至海格尔必齐河和额尔古纳河为中俄两国东段边界，黑龙江以北，外兴安岭以南和乌苏里江以东地区均为清朝领土。

　　大破准噶尔

　　清初，西北方居住的蒙古分为漠南蒙古、漠北喀尔喀蒙古和漠西厄鲁特蒙古三大部。漠北喀尔喀蒙古内部又分为扎萨克图、土谢图、车臣等三部，漠西厄鲁特蒙古内部又分为准噶尔、和硕特、杜尔伯特、土尔扈特四部。清军入关之前，漠南蒙古就已归附大清，喀尔喀蒙古和厄鲁特蒙古各部，也与清政府关系密切。

　　康熙二十六年(1687年)底，沙俄参加中俄边界谈判的全权代表戈洛文，在伊尔库茨克专门接见了噶尔丹的代表，阴谋策动噶尔丹叛乱，支持他进攻喀尔喀蒙古。在沙皇俄国的唆使下，噶尔丹终于率兵进攻喀尔喀蒙古。

　　康熙二十七年(1688年)，噶尔丹亲率骑兵三万自伊犁东进，越过杭爱山，进攻喀尔喀，占领整个喀尔喀地区。喀尔喀三部首领仓皇率众数十万分路东奔，逃往漠南乌珠穆沁(今内蒙古乌珠穆沁旗)一带，向清廷告急，请求保护。康熙一面把他们安置在科尔沁(今内蒙古科尔沁旗)放牧，一面责令噶尔丹罢兵西归。但噶尔丹气焰嚣张，置之不理，反而率兵乘势南下，深入乌珠穆沁境内。对于噶尔丹的猖狂南犯，康熙一面下令就地征集兵马，严行防堵，一面调兵遣将，准备北上迎击，先后在乌兰布通和昭莫多大破准噶尔。康熙三十六年(1698年)二月，康熙鉴于噶尔丹拒不投降，再次下诏亲征。噶尔丹在众叛亲离的情况下，服毒自杀而死。至此康熙时期平定噶尔丹叛乱之战始告结束，喀尔喀地区重新统一于清朝。