1640年(崇德五年)七月，带病急援松锦之战，指挥清军取得松锦大捷，生擒洪承畴，歼灭明军五万余人。在降服松山、锦州后，清军占领了除宁远外的明朝关外全部城镇。

　　1642年(崇德七年)，再次遣军入关，连破远至山东的八十余城。

　　去世

　　1643年(崇德八年)农历八月初九日，猝死于盛京后宫，年52岁。卒谥应天兴国弘德彰武宽温仁圣睿孝文皇帝，后累加谥为应天兴国弘德彰武宽温仁圣睿孝敬敏昭定隆道显功文皇帝，庙号太宗。葬沈阳昭陵(北陵)。

　　死亡之谜

　　关于皇太极之死，历史上有很多争议。有关清代官书上记载“无疾而终”：崇德八年(公元1643年)农历八月九日，已勤于政务一天的清太宗晚上亥时(21点至23点)，在清宁宫南炕突然死亡。但据史料记载，崇德五年，皇太极“圣躬违和”，崇德五年农历七月到鞍山温泉疗养。崇德六年松山大战前夕，前线告急，皇太极原定于崇德六年农历八月十一日亲征，却因鼻衄推迟三天。崇德七年，因“圣躬违和”，在大清门外大赦人犯;崇德八年又“圣躬违和”，不但正月初一免了庆贺礼，而且再次大赦，并向各寺庙祷告，施白金。皇太极一生勤于政事，事必躬亲，导致积劳成疾，加之宸妃之死，悲痛不已，使潜伏的重病一朝突发，瞬间猝死，遂引起诸多猜疑。

　　野史趣事

　　据野史记载，天聪九年九月初六，察哈尔林丹汗之子额尔克孔果尔率众归附皇太极，并献上历代传国玉玺。为此，皇太极特率众贝勒迎至盛京城外南冈，设香案拜天受之。这块传国玉玺出自汉代，后数传至元代，至元顺帝被明洪武帝所败，弃都城，曾携玉玺逃至沙漠，后死于应昌府，玉玺遂遗失。据传说二百年后，有牧羊人在一处山冈下放羊，见一头山羊三日不啮草，而不断用蹄子刨一个地方，牧羊人很奇怪，就在那块地方挖起来，发现了汉代的这块传国玉玺。后被元后裔博硕克图汗所宝藏，察哈尔林丹汗打败了博硕克图汗，传国玉玺再易其主。这块传国玉玺以璠玙为质，雕交龙纽，上有汉篆“制诰之宝”四字，并非是卞和得于荆山下的和氏璧。

　　历代评价

　　蔡东藩作品提及皇太极：“满洲太宗确系能手，观其声东击西，征服朝鲜，其兵谋不亚乃父。”

　　法国学者格奥赛(ReneGrousset)评价皇太极：“皇太极是蛮人中的一个天才，他把本族人民的军事才能，和对文明生活的天生理解相结合起来。”

　　金庸在《袁崇焕评传》提及皇太极：“皇太极的智谋武略，实是中国历代帝皇中不可多见的人物，本身的才干见识，不在刘邦、刘秀、李世民、朱元璋之下。中国历史家大概因他是满清皇帝，由于种族偏见，向来没 有给他以应得的极高评价。其实以他的知人善任、豁达大度、高瞻远瞩、明断果决，自唐太宗以后，中国历朝帝皇没有几个能及得上。皇太极的军事天才虽不及父亲，政治才能却犹有过之。”

　　阎崇年在《正说清朝十二帝》中评价道：“皇太极的一生就是四面开拓的一生，用‘鹰扬天下’来形容是恰如其分的。其谋略包括精心谋划，继承汗位;一后四妃，笼络蒙古;松锦用兵，精于谋略;设反间计，除袁崇焕等，皇太极心计之深、谋略之高、手段之辣，令人叹为观止。”