这是一个拖延多年的老大难问题。顺治帝、康熙帝都没有彻底解决。雍正实行改革，将人丁税摊入地亩，按地亩多少定纳税数目。地多者多纳，地少者少纳，无地者不纳。这就是“摊丁入地”，它一举取消了人头税。这对无地或少地的贫苦农民来说，是一个福音。他们不用再去逃亡躲税了。他们可以老老实实地种地，国家自然增加了税收。同时，减少了流民，使社会安定了。这是我国财政赋税史上的一项重大改革。

　　二是耗羡归公，我国古代以银、铜为货币，征税时，银两在兑换、熔铸、保存、运解中有一定的损耗，故征税时有一定附加费。此项附加费称“耗羡”或“火耗”，一向由地方州县征收，作为地方办公及官吏们的额外收入。耗羡无法定征收额，州县随心所欲，从重征收，有的抽正税一两、耗羡达五六钱，人民负担甚重。雍正实行“耗羡归公”，将此项附加费变为法定税款、固定税额，由督抚统一管理。所得税款，除办公费用外，作为“养廉银”，大幅度提高官吏们的俸禄。这样，既减轻了人民负担，又保证了廉政的推行。故雍正说：“自行此法以来，吏治稍得澄清，闾阎咸免扰累。”

　　三是创立军机处，推广奏折制度。明代权力集于内阁，故有权相产生。雍正把权力进一步集中在皇帝手中，创立军机处作为皇帝的秘书班子，为皇帝出主意、写文件、理政务。其特点是处理政事迅速而机密。军机大臣直接与各地、各部打交道，了解地方情形，传达皇帝意旨。此机构存在200年，直至清末。

　　与创立军机处伴随的是推广奏折制度。由于以前的官文书批转手续繁复，且经多人阅看，时间拖延，且难于保密，而奏折则向皇帝直接呈送，直达皇帝本人。雍正扩大了可向皇帝上奏折的范围，不同身份的官吏可以及时反映情况，报告政务，使皇帝洞察下情，以便制定政策;也使官员们相互监督，皇帝得以了解他们的贤愚、勤惰、政绩、操守。

　　四是改土归流，我国西南及其他一些少数民族聚居的地区，实行土司制度，其职务为世袭，仅名义上接受清朝的册封。土司们生杀予夺、骄恣专擅。这种制度妨碍了国家的统一和地区经济文化的发展。雍正即位后，废除了云南、贵州、广西、四川、湖南各地的许多土司，改成和全国一致的州县制度。“改土归流”是一场严重的斗争，许多土司武装反抗，雍正坚决派兵平定。在平叛战争中虽然也累及无辜，给少数民族造成伤害，但从长远来说，“改土归流”是进步的措施，打击和限制了土司的割据和特权，对民族地区的经济文化发展有利。

　　雍正帝还有一个重大发明，就是秘密建储制。清朝皇位的继承，开始没有实行中原王朝的嫡长子继承制。康熙帝研究了中原王朝的嫡长子继承制，觉得可以接受。他便采纳了中国历代皇帝的嫡长子继承制。皇帝生前，公开地将嫡长子立为皇太子，是为储君。皇帝死后，他就自然继承皇位了。这种继承制有它的优点，也有它的缺点。缺点是如果嫡长子条件不具备，或皇帝对嫡长子不满意，一旦更换皇太子，就极易造成诸多皇太子之间的明争暗斗。康熙帝二立二废皇太子，就是明证。这给康熙帝终生造成了极大的痛苦，也使政局动荡不稳。

　　雍正帝45岁即位，他亲眼目睹了康熙帝为此焦头烂额的情景。心中有数的他，在即位之初就着手解决这个难题。即位的当年，他便下令群臣讨论如何立储的问题。其实，他是把写好的谕旨让大臣们讨论，大臣们认为这是一个好办法。于是，当即确定下来。

　　所谓“秘密建储”，就是秘密建储一事完全公开，储君为何人则绝对保密。皇帝把自己选定的皇太子写在纸上，装在匣中，置于干清宫顺治帝御书的“正大光明”匾额之后。待皇帝病危之时，再予开启。由于不知皇太子是何人，皇子们也只有在修养自己、努力工作上，下功夫了。

　　这个制度的实行，起到了巩固皇权、平稳政局的作用。以后几代的乾隆帝、嘉庆帝、道光帝的继位，也是采用了这个成熟的模式，使清代皇权得以一代一代地顺利交接，政局保持了相对的稳定。秘密建储制度在清朝的实行，是雍正帝的史无前例的首创。