吴三桂没想到康熙真会同意他的请求。他好像输了钱的赌徒，又急又恨，决定起兵对抗。他换上了明朝孝服，把军队带到了永历帝(就是桂王)的墓前，他当众跪下，一边拿酒浇地，一边磕头如捣蒜。他嚎啕大哭，器得上气不接下气，趴在地上，怎么也不起来。这一哭，把军士们的眼泪也引了出来，都跟着哭了，全军上下，一片哀声。

　　吴三桂这个汉奸，过去亲自率兵绞杀了永历帝父子，现在却又来假惺惺地哭陵。实际是为了试探军心。他见军士们也跟着大哭，觉得人心是向着他的，不由得心中暗暗高兴。就在这一年，吴三桂把出“复明讨清”的旗号，统率人马向北进军了。福建的耿精忠马上响应。尚可喜的儿子尚之信逼死了父亲，也从广东起兵。驻守在贵州、广西、四川、湖南、湖北的汉族军阀纷纷攻城掠地，响应吴三桂。吴三桂一路顺风，没有经过多少战斗，就到达了湖南，只用了几个月的功夫，他的军队轻而易举地占据了南方六省。

　　“三藩”叛乱，江南失守的消息传到北京，朝廷上一片混乱。

　　“杀了要撤藩的大臣，赶快求和吧!”

　　“吴三桂兵力强大，不如以长江为界，分疆而治!”

　　这样的议论在康熙皇帝的耳边不断响起，干扰着他的决心。但是，他再次做出决断：派八旗军全力讨伐吴三桂，坚决镇压!

　　对耿精忠、尚之信，康熙皇帝则软硬兼施。他一方面派他们住在北京的兄弟前往福建和广东进行劝说，一再保证既往不咎，另一方面，又派八旗军去攻打他们，把他们逼得走投无路。这种各个击破的办法果然奏效，不久，这两路叛军都投降了。

　　耿精忠和尚之信被降服，好比给了吴三桂当头一棒。这个消息传到他那里的时候，他正在饮酒作乐，听完报告，脸上立刻没了笑容，愣了好一会儿，他才忧心忡忡地对谋士们说：“皇上这样年轻，便能做出如此决断，有这样高明的手腕，我这回算是完了。我如今是骑在老虎身上啊!”说着，就老泪纵横，推杯而起。一个谋士说：“八旗军远道而来，部署未定，我们应该马上渡过长江，同他们决战，夺取全国。”吴三桂摸着满是皱纹的脸，连连摇头说：“我已年近七十，哪有这种雄心?这次起兵，原来是为吓唬皇上一下。万没想到……唉!如今轻易出动，后方必定空虚，将来万一失败，就没有了退路，不如划江而守吧!”从此，吴三桂闷闷不乐起来。

　　云贵地区本来就土地贫脊，生产落后。吴三桂发兵叛乱以后，粮饷主要靠四川、湖南供应。偏偏这些地方又闹起饥荒。老百姓连收成都没有，拿什么供养军队呢?他的军队一连七个月发不出军饷，士兵饿得连战马都杀了吃了。吴三桂搞割据，闹分裂，早就被人民痛恨，他的内部自然也矛盾重重。这时候，许多下级军官和士兵也趁机纷纷逃走，清军乘虚攻打过来，收复了大片土地。

　　吴三桂还想最后挣扎一下，在康熙十七年(公元一六七八年)三月，撕掉了“复明”的假面具，自称皇帝，国号叫“大周”，他以衡阳为首都，匆匆忙忙地举行了登基典礼。可是，众叛亲离，大势已去，他怎么也高兴不起来。当了不到五个月的皇帝，吴三桂就连悉带气，得病死了。

　　吴三桂一死，局势完全被清军掌握。吴三桂的孙子、十三岁的吴世璠继承“皇位”以后，放弃衡阳，逃回了云南。清军势如破竹，紧紧追赶，相继收复了湖南、广西、四川，又在康熙二十年(公元一六八一年)，把昆明团团包围起来，吴世璠困在城内，走投无路，服毒自杀。各地吴军全部投降。长达八年之久的“三藩”叛乱，被平息了。

　　由于康熙皇帝维护国家统一的决心大，又处事果断，因此避免了全国的再度混乱和分裂。“三藩”叛乱平定以后，清朝才在全国大部分地区建立了稳固的统治。