治河工程的开销很大，有时甚至要动用几十万两甚至几百万两白银。有关官吏肥饱私囊很方便，那些靠做安发财的官吏一向把当河道总督看成是美差，从中可以发一笔大财。但是，靳辅这个人很廉洁，分外之财他从来分文不取。不仅如此，他还处处以身作则，不论哪里出现险情，他都亲自到现场指挥。黄河两岸百姓和工匠夫役们对他赞不绝口，十分拥戴。

　　经过八年的努力，黄河大修和增修工程结束了。康熙皇帝听说黄河大治，十分高兴，决定南巡视察黄河河道。他先到山东，察看了黄河北岸河堤一百八十里。他有时登岸步行，有时亲自涉水，用仪器勘测水势地形。靳辅跟随左右，对所有工程一一详加解释，说古论今，如数家珍。

　　康熙皇帝每到一处，都召集当地的耆老秀才，了解地方风土人情。百姓在他面前，异口同声地赞扬靳辅廉洁奉公，治河有方。他听了更加高兴，视察完毕，就把靳辅召到面前，当面赐给他自己亲笔写的诗，还鼓励说：“朕知道你实心任事，两岸百姓也交口称赞你。你治河有方，朕放心了。”说完又问：“你身边一定有博古通今的人吧?”靳辅连忙如实地报告了陈潢的情况。后来靳辅又上书请求表彰陈潢十年如一日，帮助他治理黄河的功劳。康熙皇帝特地下命令，授给了陈潢金事道的官衔。

　　不料黄河防治工程完成以后，一场灾难降临到靳辅和陈潢的头上。原来，康熙皇帝南巡的时候，偶尔提到开下河(疏浚黄河入海口)的想法，大臣于成龙等几个人听到这个风声，就迎合康熙皇帝，在朝廷上正式提出开下河的主张。靳辅和陈潢得到消息，立即就地进行勘测。经过调查研究，靳辅上奏皇帝，说明提出开下河的主张不妥当。因为海口处河床不高，如果再深挖，海水很容易倒灌;不如修筑海口河堤，防止河水泛流。康熙皇帝把靳辅召到北京，亲自主持御前会议，讨论此事。靳辅虽然据理力争，但众口难平。康熙皇帝也听不进靳辅的意见，另拨二十万两白银，让另外一个大臣前往黄河入海口，专管开下河的事。

　　不久，又有一些人为了官田这件事弹劾勒辅。原来黄河水患基本消除以后，河两岸一些无主荒田渐渐露出水面，可以耕种了，当地的豪田强纷纷抢地霸田。有些贫苦百姓也占了小块地种上了庄稼。靳辅为了这件事给皇帝上收，请求丈量田亩，把这些土地做为官田，让百姓屯垦，收入做为治河经费。康熙皇帝批准了这个建议。这样，地方上的豪强因为不能随意霸占土地而心怀不满;那些占了小块地的百姓也受到一些影响。于是，恶意攻击靳辅、陈潢的谣言就乘机而起：说靳辅治河无功，偏听幕宾陈潢，甚至不同意开下河，也成了一条“罪状”……于成龙暗中指使漕运总督，不放漕船进入中河，然后再四处散布河道弊坏的谣言。靳辅在朝廷上百般辩解，但是，康熙皇帝也认为他在开下河和屯田这两事上有过失，罢免了他的职务，陈潢的命运就更惨了，他被捕入京，活活气死了。陈潢死后，靳辅十分难过。可是，他不肯向朝廷上的议论妥协，仍然坚持自己的主张。

　　几年之后，康熙皇帝第二次南巡。他沿途勘测治黄工程，访察民情，深深感到靳辅等人治理黄河卓有成效。他下令让靳辅复职。

　　当靳辅再一次接到河道总督任命的时候，已经五十九岁了。他感到自己年老力衰，将会不久于人世。但是，他回想起十五年前赴任时陈潢的那一席话，就毅然决定接受任命。临行前，他写下《义友竭忠书》，上奏康熙皇帝，列举了陈潢的功绩，请求昭雪他的冤案，恢复他的官衔。不幸的是，靳辅到达宿迁(在江苏省)任所后，由于操劳过度，病又加重，当年冬天就去世了。他一死，为陈潢昭雪的事也就没人再提起了。靳辅死后五十年内，黄河没有出现严重的水患。百姓们怀念他，纷纷传说他是“河伯再生”，还为他建立了祠堂，靳辅留下的《靳文襄公奏议》《治河方略》，陈潢留下的《治河述言》(由他的朋友张蔼生整理)都成为我国水利史的名著，受到后人的重视。