在这种严峻的情况下，燕王于建文元年(1399)七月五日毅然起兵，率领"靖难"之军，历时4年，大小百余战，最终兵临南京，夺得大明江山。下面选择几个大的战役加以介绍：

　　大破宋忠宋忠将兵3万，驻军开平，是防备燕王的重要军事力量。燕王举事后，宋忠未敢贸然进军，而是移军怀来。朱棣控制了北京城，招降守备通州的通州卫指挥佥事房胜，攻取蓟州。居庸关被朱棣攻破，守将率败军归附宋忠。宋忠为调动士气，谎称原来燕王府守卫的家属被燕王杀害了。燕王知道这一情况后，特意让那些士兵的亲属打前锋。原燕王府守卫看长陵神功圣德碑到家人没有死，恼怒宋忠欺骗他们，就临阵倒戈。宋忠顿时阵脚大乱，燕王趁机麾军过河，直扑过来。宋忠由是大败，逃回城内，结果城破被捉于厕所内。

　　怀来击败宋忠，是朱棣起兵后第一次大规模的战斗。这次战斗，斩首数千人，缴获战马八千余匹和大量的军械。更为重要的是，怀来之战解除了北平周围的军事威胁，提高了军威。不久开平、龙门、上谷、云中、永平等处守军纷纷投降，壮大了朱棣的力量。