周应龙见到起义军就像老鼠见到猫，对老百姓却又是另一副凶神恶煞般的面孔，烧杀抢掠，无恶不作，弄得驻地附近从早到晚鸡犬不宁，这样，百姓们更拥护起义军了。

　　朱一贵的队伍就像滚雪球似的，几天功夫就发展到十万人，他们一鼓作气攻下台湾城，台湾的文武官员，包括台厦道梁文宣、台湾知府王珍，都搭船逃往澎湖去了。台湾城的老百姓排列起香案迎接起义军。

　　起义军进城后，拥戴朱一贵为“大明中兴王”，还发表檄文宣告中外：要“横渡大海，会师北伐，饮马长城”，重兴明朝。朱一贵出身平民，深知官兵骚扰给百姓带来的危害。他严纪律，不准士兵抢掠，因此起义军深受百姓爱戴。因为朱一贵曾经养过鸭子，所以很多人都亲昵地称他为“鸭姆皇帝”。

　　农民军及时扩大战果，很快就控制了台湾大部分地区。可惜这时候，起义军内部发生了分裂，力量削弱了，也给清军造成了可乘之机。福建提督施世骠(施琅的儿子)率领一万清兵，渡海打进鹿耳门，不久又攻下台注城，占领了台湾府。在慌乱中，朱一贵被手下奸细出卖，献给了清军。

　　朱一贵被捆绑着押送到清军兵营。他岸然直立，不肯下跪，一个官员狠狠地说：“看你跪不跪!”说罢命人打断了朱一贵的腿。朱一贵站不住，就趴在地上，强忍疼痛，对被捕的手下将领说：“大丈夫要为忠义而死!”不久之后，朱一贵和众将被押到北京。他们仍不屈服，都壮烈牺牲了。

　　朱一贵牺牲以后，台湾人民的反抗斗争并没有停止。一些幸免于难的起义将士潜伏在荒野岭，秘密活动着。后来，台湾又先后爆发了吴福生起义、黄教起义、尤其是规模浩大的林爽文起义，这些起义虽然都失败了，但是沉重打击了清朝的统治。