一手策划英宗复辟的石亨、徐有贞，得到再度登上皇位的朱祁镇的宠信，公报私仇，诬陷于谦和内阁大学士王文“意欲迎襄王世子”为皇储。三法司官员屈服于石、徐之流的淫威，以“谋逆”罪判处于、王二人极刑(凌迟)。对于这样的诬陷，王文愤怒之极，眼若喷火，据理抗辩。于谦在一旁冷笑道：这是石亨、徐有贞的意思，辩也无用，不论事情有无，彼等一定要置我辈于死地。

　　这样的判决，连英宗也于心不忍，说了一句良心话：“于谦实有功。”徐有贞声色俱厉地回答：“不杀于谦，此举为无名。”意思是说，假如不处死于谦，那么把景泰皇帝赶下台，把你重新捧上皇帝宝座，就名不正言不顺。朱祁镇只得妥协，把于、王二人由极刑改为斩首。史书说：“(于谦)死之日，天日如骤变，阴霾四塞，天下并冤之。”反映了当时的民心所向。都督同知陈逵感念于谦的忠义，为之收殓遗骨。次年，于谦的女婿朱骥把他的遗骨归葬杭州。宪宗即位后，纠正父皇的错误，为于谦平反昭雪，恢复原官，派员祭祀。孝宗即位后，追赠太傅头衔，赐予谥号“肃愍”(神宗时改谥号为“忠肃”)，建旌功祠。虽然晚了一点，毕竟是非自有公论。