查士丁尼开始无情地消灭自己的政敌。他首先下令将篡位夺权的莱昂提图斯和提庇留——拘捕归案，把他们当众处死。然后又处死这两人的同党，悬尸示众。君士坦丁堡的城墙上挂着一长排尸体，阴风瑟瑟，尸体在缓缓地悠悠转动，其情景令人毛骨悚然。

　　首都内外一片恐怖气氛。对于曾经帮助莱昂提图斯登基、为他加冕的君西坦丁堡大教长，查士丁尼则采取了比较“温和”的态度，下令挖出他的双眼，留了他一条命。

　　大批的牺牲者并没有使查士丁尼的报复心得到满足，10年的流亡生活使他变得更加阴狠、毒辣。由于前两次政变的发动者都是军人，他们的同党也大多数是军人和大贵族，查士丁尼的复仇之剑便指向军队，凡是稍有嫌疑的军队将领，都被他一批批地赶尽杀绝，这就导致帝国军队的瓦解。公元705年冬天，阿拉伯人由小亚细亚长驱直入，陆续占领了卡帕多西亚和西利西来，以及许多重要的军事据点。君士坦丁堡危在旦夕。

　　面对这样严峻的形势，查士丁尼二世仍没有停止他疯狂的报复。他不考虑如何去击退阿拉伯人，而在绞尽脑汁策划怎样惩罚当年帮助教皇、使他威信扫地的拉温那人民。他派出一支军队攻进了拉温那，在城市大肆抢劫蹂躏之后，把大批平民百姓拴在铁链子上，押回君士坦丁堡处死。

　　克尔松是他10年流放的地方，这里是他个人历史上最屈辱、最灰暗的一页。查士丁尼早就耿耿于怀，要对克尔松人民进行残酷的报复。他派出军队到黑海北岸的克尔松，见人就杀，见物就抢，血流遍地，惨不忍睹。

　　克尔松人民终于忍无可忍，他们奋起反抗，发动了抵抗暴君的起义。查士丁尼派出的军队中一部分将士也加入了起义军的行列，因为他们知道，如果这次出征失败，那个残暴的皇帝是不会轻饶他们的。

　　卡扎尔人也支持这次起义，他们不想放过这个入侵克里米亚半岛的机会。

　　起义军人选出了亚美尼亚人瓦尔达内·菲利皮科斯为新皇帝，一支庞大的舰队浩浩荡荡地驶抵君士坦丁堡。城内居民自动打开城门，迎接起义军进城。

　　混乱之中，查士丁尼二世被他的一名随从官杀死。从此结束了延续百年之久的伊拉克略王朝的统治。