康熙十七年，战势对叛军更加不利。势穷力竭的吴三桂为了鼓舞士气，于三月在衡 州称帝，国号“大周”，改元昭武，改衡州为定天府。但这一招并未起什么作用，他坐 困衡州，一筹莫展，八月病死。部将迎其孙吴世璠即帝位，改元洪化，退居贵阳。 清军乘势发动攻击，康熙十八年(1679年)，清军平岳州、常德、长沙、衡州等地 后，恢复了湖南全省，同时收复广西。

　　康熙十九年(1680年)，清军克汉中，定成都，取重庆，收复四川。同时，康熙处 分了奉命攻打重庆而中道退返荆州的宁南靖寇大将军勒尔锦，命令彰泰为定远平寇大将 军接替指挥，率师由湖南进攻云贵。

　　康熙二十年(1681)正月，清军收复贵州，彰泰开始进入云南。二月，赖塔率师由 广西抵云南。九月，清将赵良栋率师由四川至云南，与另二路先期抵达的军队会合，加 紧围攻昆明。此时，被清军俘获后发给银粮返还原籍的苗族兵将，纷纷帮助清军。十月， 昆明城中，粮尽援绝，南门守将开门迎降，吴世璠服毒自杀，云贵悉平。平定“三藩” 叛乱战争至此结束。

　　这次平叛战争的胜利，清除了地方割据势力，避免了一次国家大分裂，有利于多民 族统一国家的巩固和发展。同时中央集权制力量得到加强，提高了抗御外敌的能力。康 熙在平叛战争结束后，没收藩产入官充当军饷，撤藩回京师。除吴三桂部调往边区站、 台服役外，其余各部重新编入八旗。福州、广州、荆州派八旗兵驻防，广西、云南派绿 营兵镇守，彻底消除了藩镇制。此外，这次平叛战争的胜利，意味着受“三藩”割据之 害的人民的解放，给这些地区的社会经济的恢复和发展提供了必要的条件，从而有利于 边疆和内地经济、文化的交流。

　　平定“三藩”叛乱战争的胜利，从根本上说是正义力量的胜利。吴三桂等人发动的 叛乱，目的在于搞分裂割据，得不到人民群众的支持，失败是必然的。而清朝平叛则是 维护国家的统一，符合人民的愿望，能得到各族人民群众的支持。

　　在这次战争中，康熙玄烨表现出杰出的政治、军事才能。他指挥有方，处置得当， 临危不躁，谨慎地对待战局的变化，不急于求成，也不放过良好的进攻时机。对待将领， 不论亲疏贵贱，一律赏罚严明，因而最终取得了战争的胜利。