杰佛逊于1804年再次当选为总统，但是1808年他决定不再参加第三次竞选，因此为乔治·华盛顿树立的先例增添了光彩。杰佛逊于1809年隐退，随后从事过的唯一的政治活动是创立弗吉尼亚大学（于1819年获得审批）。所以他看到了四十三年前他向弗吉尼亚立法机关提出的教育方案的一部分终于被付诸实践。杰佛逊于1826年7月4日在《独立宣言》发表五十周年纪念日之际溘然长逝，结束了他那八十三年多的充实而有意义的人生。