为了考证一种被描绘得很神奇的仙果，李时珍多次专程爬上武当山，采集标本，亲自咀嚼品尝，最终确定这不过是普通梅子的一种。在山里，他还亲手解剖了一只穿山甲，从胃中翻出一升多蚂蚁，从而证明了穿山甲吞食蚂蚁的特性。

　　考察中，李时珍兴趣广泛。在西南地区，他见到一种少数民族使用的“不灰木”火把，经过仔细研究它的结构材料，发现它实际上是由草叶束成，中间夹裹松脂一类耐燃物，一夜只燃一二寸，十分耐用。

　　在对药物进行考察和试验时，李时珍往往不顾个人的安危。曼陀罗花是一种有毒的植物，前人本草书上说，此花能麻醉人，使人发笑，华陀的麻沸散可能就是以此花籽为主要原料制成的。李时珍真的用曼陀罗花籽泡了酒，亲自喝下去，验证了这种说法。

　　实地考察使李时珍获益匪浅：一是结识了许多为他提供实践知识的朋友，如樵夫、渔夫、猎人、士兵、医生等;二是实地辨识了药物，纠正了前人多年没有认识到的疑误;三是发现了一批新的药物，如三七等。这些考察研究为李时珍的科学巨著打下了坚实的基础。

　　与迷信的战斗

　　上古时代，医术是巫术的附庸。后代医术逐渐独立，并且将巫术驱逐了出去，但巫术的幽灵与影响却始终缠夹在医术身上。著名的医学专家孙思邈本身就是道士，炼丹家葛洪也擅长医药。因此，历代本草著作中夹杂着很多的迷信谬说。明代的皇帝中相信方士的很多，大多沉浸在炼丹服药、求仙访道的妖妄气氛中，既伤身体，又误国事。作为一个实事求是的医药学家，李时珍在他的医学实践和科学著作中，与这些迷信谬说进行了坚决的斗争。

　　有一种菌桂，是桂树的一种。其中生于岩石间的中岩桂，依花色的红白黄分别叫做丹桂、银桂、金桂，有的春季开花，有的四季开花。花可以泡茶、浸酒、盐渍食用。皮薄不能入药。李时珍经过认真仔细的考察研究，将各种桂树的外形、性状、习性都分析得清清楚楚。葛洪的《抱朴子》却说将菌桂与竹沥混合龟脑吞食，坚持7年，就能在水面上行走，长生不死;还煞有介事地说：“赵佗子服桂二十年，足下生毛，日行五百里。”这显然是信口乱说。唐慎微的《证类本草》竟一本正经地介绍了这种方士的胡言。

　　李时珍在科学地分析了菌桂的性状后，严厉地批驳了葛洪的谬说;对作为药物学家的唐慎微转述方士的迷信之说尤其愤怒。他在《本草纲目》中写道：“方士谬说，类多如此，唐氏收入本草，恐误后人，故详记之。”又大声疾呼：“方士固不足道，本草其可妄言哉!”铮铮之言，体现了李时珍严肃认真、一丝不苟的科学精神。

　　《本草纲目》——中国古代的百科全书

　　《本草纲目》是李时珍科学精神与科学实践的结晶，是他倾注毕生心血的成果。全书共52卷，190多万字，收药1890余种，绘图1109幅，附药方1.1万余个，规模空前，是中国医药史上的一座丰碑。

　　书中对传统的药物分类法作了革命性的变化，彻底放弃了传统的、不甚科学的依药性分类的三品法，而改依药物的自然形态分类法，即既按物质进化的阶梯，从无机界(水、火、金、石等)到有机界(植物、动物)，又按从植物到动物、从低等动物到高等动物、从动物到人的顺序进行排列，基本符合近代科学进化论的观点与三界进化的原则，获得世界科学界的推崇与赞扬。

　　《本草纲目》将中国药物学从先秦到明代的发展进行了一次全面系统的总结，纠正了前人的众多失误，丰富了其内容与经验，奠定了近古医药学发展的基础。《本草纲目》对于医学理论与医学实践的贡献也是很大的。例如，书中主张“脑为无神之府”，在中国历史上第一次指出脑是思维的器官;改“命门即肾说”为“命门位于两肾之间说”，奠定了中医的新命门学说;首次记录了以“涿付”(猪膀胱)插翎管治疗尿储留的古代导尿术;提出了用冰外敷以降低高烧病人体温的方法，用蒸气消毒病人的衣物来预防瘟疫，注意食品添加剂的安全卫生等医药卫生主张，在中国医学史上都具有首创的意义。