南云惊呆了。在万般无奈下，他不得不离开火焰冲天的“赤城号”。
　　此时的山本五十六正威风凛凛地端坐在“大和”号战舰上，这是当时世界上最大的战舰。南云惨败的消息使山本目瞪口呆。看着烈火蔓延的“赤城”号，山本忍痛发出炸沉它的命令。“野分”号驱逐舰射出强大的新型鱼雷，“赤城”号在猛烈的爆炸声中，葬身海底。这竟是“野分”号在这次海战中的第一个射击目标。
　　山本终于急红了眼，他知道日本舰队惨败的命运不可避免了，但他还要做垂死的挣扎。他命令所有的舰队向他集中，阴谋诱使美国舰队西移到他的舰队猛烈的炮火射程内。但美国人识破了山本的诡计。
　　６月４日中午，日本只幸存下“飞龙”号航空母舰。在６架零式战斗机掩护下，“飞龙”号上１８架轰炸机重创美国航空母舰“约克顿”号，“约克顿”号慢慢沉没海底。
　　“飞龙”号成为美国舰队猛烈攻击的目标。虽然它成功地躲过２６条鱼雷和大约７０颗炸弹，但最后还是被击沉，在一条大火中被日本舰队自己的鱼雷击沉。
　　５日凌晨，日本舰队听到山本的命令：“取消中途岛行动。”
　　中途岛战役美军只损失一艘航空母舰、１艘驱逐舰和１４７架飞机，而日本却损失了４艘航空母舰、１艘巡洋舰、３３０架飞机，还有几百名经验丰富的飞行员和几千名舰员。
　　日本海军从此走向了失败。为了掩护自己的惨败，避免挫伤部队的士气，６月１０日日本电台播放了响亮的海军曲，并宣称日本已“成为太平洋上的最强国。”当惨败的舰队疲惫不堪地回到驻地时，东京竟举行灯笼游行以庆祝胜利。
　　美国海军首脑事后评价道：“中途岛战斗是日本海军３５０年以来的第一次决定性的败仗。它结束了日本的长期攻势，恢复了太平洋海军力量的均势”。