2000年由于合众国际社被收购，托马斯离开了这家工作了57年的媒体，成为赫斯特新闻社驻华盛顿的专栏作家。不久，她又回到了白宫新闻发布会现场，不过她的座位在后排，直到2006年才再度回到前排。2010年5月，犹太学者、独立电影制片人戴维·内塞诺夫问托马斯怎样评论以色列，她回答：“让他们滚出巴勒斯坦。记住，巴勒斯坦人的土地被侵占了。这是他们的土地。”在被问及犹太人应该回到哪里时，她说道：“他们应该回家，波兰、德国、美国和其他任何地方。”此言论一出，各种批评接踵而至。白宫发言人罗伯特·吉布斯谴责她的言论具有“攻击性，应受到谴责”，白宫记者协会也难得发出警告，称她的言论“是站不住脚的”。最后，托马斯不得不从赫斯特新闻社辞职。2011年1月，记者协会宣布取消海伦·托马斯终身成就奖。她漫长的职业生涯由此蒙上一层阴影。由于她的反犹言论，在她逝世后，哈马斯组织哈桑旅在网上对其表示哀悼。

　　在托马斯离世后，许多媒体和记者纷纷撰文对托马斯在新闻事业上的贡献予以赞扬，也有一些批评人士对她的所作所为表示质疑。《洛杉矶时报》专栏作家乔治·戈德堡认为，托马斯是个左翼人士，她的反以色列立场不能归结于她的黎巴嫩裔家庭血统;在水门事件中，她从精神不太稳定的玛莎·米切尔那里获得独家信息，这有违职业道德。他引用一个评论家的话说，托马斯获得多个奖项，但没有一个奖项提到她对新闻以及女性保护做出了什么贡献。记者安德鲁·弗格森说：“人人都钦佩海伦，虽然没有人能告诉你为什么。”

　　托马斯自称是个自由主义者，她把大部分的时间都交给了工作，很少关注个人生活。直到51岁才结婚，丈夫在结婚4年后患上老年痴呆症，1982年去世，没有子女。在工作上她有着无穷的动力，她每天早上6点之前就会到达白宫的办公室，以至于老布什总统也会忍不住来偷偷试探她是否真的这么勤恳。她曾陪同9位总统出国访问，即使到了七八十岁，她也比那些年轻的记者们更能适应前往世界各地出差的状况。她在白宫工作了近50年，一直坚守的是这样一份信念：“我们的职责不是去敬仰一个领导人多么德高望重，而是不时地把他们搁到聚光灯下，看看他们是否有负民众信赖。”