在榆林港期间，为做到有备无患，林遵还派人向当地渔民了解南沙和西沙群岛的详细情况。得知西沙、南沙的渔季是在2月至4月。春季风力一般在4级至5级以下;冬季多强风，东北强风风力可达7级，5月以后夏、秋雨季多台风。西沙群岛的锚地不算很差，但南沙群岛根本没有避风锚地，底质不是碎石、沙，就是珊瑚，容易走锚。由于该海区冬季多恶劣天气，实际上选在11、12月份去接收南沙群岛是不合时宜的，何况当时在战争时期受到破坏的南海气象站尚未恢复，气象预报不准确，海上的天气难以掌握，中途又无避风锚地，艰险之状可想而知。但国民政府的决定和命令不能改变，而收复南沙群岛又关系到国家在国际上的声誉，惟有尽量克服困难，争取在限期内完成任务。于是，林遵决定11月10日舰队正式起锚出海，执行收复任务。

　　当日凌晨，在官兵们的一片欢呼声中，林遵下达了出航指令，舰队缓缓驶离榆林港。不料，在航行了约10多海里时，海面刮起大风，狂风卷起的巨浪肆虐地拍打着舰身，“中业”“中建”两艘大型登陆舰横摇至30度。它们的受风面积特别大，眼看有倾覆的危险，偏不凑巧，旗舰“太平”舰的发动机又出了故障，难以适应远距离航行，须返回榆林港修理。迫于无奈，林遵只得下令舰队返航。

　　舰队回航榆林港休整一星期后，林遵决定于11月19日再度出航。出发时尽管艳阳高照，但海面上仍是巨浪汹涌。曾有人形象地比喻冬季里的南中国海像泼辣的妇女一样，毫不留情，说翻脸就翻脸，舰上的官兵们也深切体会到了这一点。海上风高浪急，舰队保持着一定的距离，艰难前行着。舰队官兵默默无声地与惊涛骇浪搏斗了一整天，行进了近100海里。下午5时左右，天气开始发生变化，黑压压的云层笼罩在无边无际的大海上。有着丰富航海经验的林遵马上意识到，这很可能是一次台风的前兆，舰队若继续前往，有舰毁人亡的危险。于是下令掉转舰头，从速返回。又经过一夜的折腾，舰队才于次日凌晨安全到达榆林港。

　　两次的无功而返，舰队官兵都深表惋惜与无奈，而政府代表们对舰上的艰苦生活早已不耐烦了，如今又见收复一事遥遥无期，故纷纷向国民政府请示离舰返回。但南京方面回电说，任务未完成不可随意返回，一切皆听从林遵指挥。

　　终达南沙　顺利收复

　　舰队在榆林港停泊了半个多月后，林遵再一次下达了出航指令。1946年12月9日，林遵第三次率舰队出海远行。出于稳妥，这次林遵决定由李敦谦舰长率“中业”舰为舰队先导，林遵坐镇“太平”舰随后，目标直抵南沙群岛的主岛——长岛。12月9日早晨8时，天气晴朗，东北风3级，舰队渐渐驶离榆林港。