胡斯军不断壮大，使罗马教廷极为恐慌。1420年1～3月，神圣罗马帝国皇帝在伏罗茨拉夫召开神圣罗马帝国会议，会议上宣读了教皇马丁五世发动十字军讨伐胡斯分子的诏书。西吉斯孟皇帝立即组成了以德国封建主为核心的十字军。
　　
　　1420年4月，10万大军侵入捷克。大军以德国封建主为核心，还有一些匈牙利人、捷克天主教大贵族和想在战争中大捞一把的欧洲各地骑士和雇佣军。敌军一路烧杀抢掠，扑向布拉格。在民族危亡的紧要关头，布拉格中等阶级再次举起反抗的旗帜，广泛地动员全城人民投入防御工作，农民队伍也从各地开到首都，控制了局面。7月14日，皇帝的军队对布拉格发动总攻，但防守维特科夫山的部队有力地阻挡了十字军。该山位于布拉格城东，早在皇帝军到来之前，胡斯军就周密地构筑了防御工事。在皇帝军队到来的时候，军民同心协力，击退了敌人的疯狂进攻，杰士卡更是在危急关头出现在前线，敌人在胡斯军反击下，大败而逃，取得了第一次反十字军的胜利。
　　
　　胡斯战争1422年1月，在库特纳戈拉和涅梅茨卡布罗德附近，第2次十字军远征部队遭到了决定性的失败；1422年11月，塔波尔派2、5万人在乌斯提附近，击败了第3次十字军远征部队的主力，十字军骑士部队7万人。
　　
　　在前期战争中，杨·杰士卡制订了军事法规，革新了作战方法，为战争的胜利做出了重大贡献。晚年，他虽然已双目失明，但仍然活跃在战场上，直到1424年10月11日，病死于鼠疫。杰士卡去世后，大普洛科普继任胡斯军军事指挥。他继承和发扬了杰士卡的军事思想和战略战术。他的基本战略思想是转防守为进攻。
　　
　　三年之后，罗马教廷与皇帝西吉斯孟不甘心失败，于是又分别在1426年、1431年发动了第四次和第五次十字军东征。在反击第四次东征的过程中，1426年8月底，大普洛科普第一次率军围攻境外奥地利的茨威特尔城，歼敌数千名，这表明了胡斯军的战略转变，转防守为反攻，把战争推向敌人的统治区。在大普洛科普率领下，胡斯军于1427、1428年先后进军匈牙利和西里西亚，并远征德国的萨克森和法兰克尼亚等地，攻抵波兰和波罗的海沿岸。这一反攻战略，不仅彻底打退了第四、五次远征，而且大大增强了胡斯运动的影响。
　　
　　罗马教廷与皇帝见干涉不仅没有阻止捷克的反压迫运动，还使捷克各阶层更加团结，越战越勇。于是他们绞尽脑汁削弱捷克军的力量，但都无济于事，最后他们只好利用和谈来分化瓦解胡斯军。圣杯派在长期斗争中，已掌握了捷克经济，基本实现了他们的主张，他们不能容忍塔波尔派的继续发展而威胁到自身的利益，就转而投向敌人来反对塔波尔派。
　　
　　15世纪30年代初，捷克社会发生了重大变革，胡斯党人分裂为圣杯派与塔波尔派。经济和政治上较稳固的圣杯派开始与封建天主教阵营勾结。贫民革命军成了圣杯派前进道路上的障碍，市民阶级和贵族公开背叛人民。1432年12月，在巴塞尔宗教会议上，天主教与圣杯派秘密谈判，圣杯派的基本要求得到保证后，背叛了塔波尔派。
　　
　　1432年5月，天主教会和皇帝圣支持杯派在利帕尼与塔波尔派进行决战。圣杯派出动了2、5万步兵，数千骑兵，600辆战车，而塔波尔派只以步兵1万，骑兵800和战车360辆迎敌。圣杯派以优势兵力佯作强攻，继而退却，大普洛科普判断失误，把敌人伪装的撤退当做真正的溃逃，就向敌人猛烈地扑去，从而削弱和破坏了大车防御工事的防守。此时，敌军骑兵突然攻击塔波尔军的侧翼，并袭击了几乎毫无防御的营地，塔波尔骑兵将领恰克率领骑兵临阵脱逃，导致了全军的溃败，大普洛科普等阵亡。利帕尼之战标志着胡斯战争的基本结束。
　　
　　【战争简评】
　　
　　胡斯战争的历史意义是深远的。它作为一场农民反抗封建主统治阶级的斗争是失败了，但作为一次争取民族独立的运动还是取得了相当大的成功。胡斯战争打击了德国的侵略势力，使捷克在往后一百多年里摆脱了神圣罗马帝国的控制，争得独立地位，从而促进了捷克民族经济、文化和信仰的发展。同时胡斯战争还动摇了几百年来天主教会在欧洲的权威地位，当塔波尔派的思想传到捷克境外后，对以后德国的农民战争及欧洲日益开展的宗教改革运动都产生了很大的影响。