然而，前门驱狼，后门进虎。此时，美国又开始大举入侵菲律宾。1899年2月4日， 美军经过充分准备后突然向马尼拉市郊的菲军发动进攻。2月5日，菲律宾共和国向美国 宣战，菲人民抗美战争(菲美战争)正式爆发。菲军民英勇抵抗，用正规战和游击战等 多种方式打击敌人。三年内歼灭美军近万人。1901年3月，在美军的镇压下，菲南部各 岛先后被美军占领。1901年3月21日，在菲律宾最后的首都帕拉南失陷后，阿奎那多被 俘投降，并使许多游击区的司令斗志瓦解而缴械。菲律宾第一共和国失败，作为有组织的统一领导抗美战争告一段落。1902年7月4日，美国驻菲总督阿瑟·麦克阿瑟宣布：美 菲战争结束了。但是，菲律宾人民斗争仍未止息。1903年至1908年菲律宾共爆发50多次 大的武装起义，出现近390个反美组织。美国直到1906年才正式宣布菲律宾战争全部结 束。菲律宾变成了美国的殖民地。美国为这场战争付出了惨重代价，至1901年6月30日 止，共派往菲律宾军官3477人，士兵10.88万人，打了2811仗，死4243人，伤2818人，耗资10亿美元。菲律宾人民为独立和自由也付出了巨大代价，计战死1.6万人，因伤病 致死及被屠杀20万人以上。

　　菲律宾独立战争最终失败的原因主要是双方力量对比过于悬殊，但菲律宾人民不畏强暴争取独立的英雄业绩永为世人传颂。