在大人国待了几年后，格列佛终于找到机会重获自由，在一次国王南巡的时候，他装病躲在木箱里在海边呼吸新鲜空气。不巧，被一只大鹰把这个箱子叼走了，木箱落到海中，被英国的一艘商船救起，格列佛又回到了祖国。回到祖国后很长时间，由于他看惯了体积很大的东西，他一直觉得自己是来到了小人国，对周围的人和物的比例很不习惯。后来才渐渐恢复了正常。
　　在家住了两个月，格列佛再一次登上了商船去东南亚一带远航，途中遇到了海盗的袭击，格列佛被放在小船上任其飘流，最后侥幸被一座会飞的岛屿救起来。飞岛靠一块巨大的金刚石板支撑，底座上的磁石可以控制飞岛的移动。飞岛上住着国王和贵族，他们长得奇形怪状，服装也很古怪，外衣上装饰着太阳、月亮、星球和各种乐器的图形。他们并不做什么实际的事情，只是冥思苦想，杞人忧天，总是担心彗星会毁灭了飞岛，所以，他们的日子过得惶恐不安。他们的精神很涣散，需要一个拍手用一个皮囊拍打他们的眼睛、耳朵和嘴巴，提醒他们该听、说或者看东西了。他们只对数学和音乐感兴趣，他们的语言也是用乐谱和数字组成的，他们不懂几何学，所以，房子都盖得歪歪扭扭的。
　　普通的居民住在另外的三座岛上，如果人们反抗，飞岛就会飞到该岛的上方，挡住阳光和雨水，甚至直接压下去把这个岛毁灭。但是，下面的居民也会积极反抗，有一次，他们在岛上竖起了四根高塔，还在高塔上安装了磁石和火，结果飞岛在落下去镇压的时候受到了严重的影响，差点被毁灭了。国王最后被迫答应了这个城市居民提出的条件。
　　格列佛访问了其他三座岛屿。他首先参观了一个学院，这个学院研究的课题真是与众不同，他们研究如何从黄瓜中提取阳光，把粪便还原为食物，繁殖没有毛的绵羊，软化大理石，用蜘蛛织线，用猪耕地，让人吃下写着字的饼干来学习，另外还把各党派人物的头锯开，加以混合后装回各自的头中，以此消除各党派之间无聊的斗来斗去。他们还用检查粪便的颜色、气味、浓度、粗细以及食物消化程度来判断人们的思想动向。这是他们经过多次试验发现的真理。他们还在讨论纳税的问题，有的人认为做了很多丑事的人应该纳税，有的则说有才能的人应该纳税。
　　格列佛觉得他们的想法很荒唐，就又来到巫师岛，魔法师运用法术让他和亚历山大、凯撒大帝等名人的鬼魂进行了对话，他于是发现史书上有很多地方的记载并不属实，全是颠倒是非、胡编乱造。后来格列佛又去了长生不老国，这个国家里有很多人长生不老，可是这却是个最大的不幸，他们要忍受贫穷、体衰、落寞等很多问题的折磨。他们希望格列佛能把这个现象带到别的国家去，让这里的人们不再惧怕死亡。经过访问后，格列佛乘船到日本后经过荷兰回到自己的国家。格列佛回家修养了几个月，被任命为冒险号的船长，又一次出海远航。途中经过西印度群岛的时候，他的部下反叛，把他一个人扔在一块陌生的陆地上就扬长而去。
　　格列佛就沿着陆地继续往内地走，结果被胡耶攻击了。胡耶是一些性情堕落、贪婪好斗、外形丑陋、没有理智的动物，但是长着人的外形。后来格列佛被赶来的智马救了下来。原来他已经走到了智马国。在智马国，胡耶受智马的统治和驱使。智马也分等级，火红马、深灰色斑纹马和黑马出身高贵，而白马、栗色马和铁青色马只能做仆人。格列佛首先学会了当地的语言，然后就向智马介绍了自己的航海历险经过，还谈到了自己国家的政界、军界、司法界、文化界的种种丑恶的现象，还讲述了战争发动的种种原因。最后格列佛还对自己国家的贵族进行了深刻的批判，他说这些贵族欺压和愚弄人民，使人民没有办法生存，所以才去干很多不好的职业，比如讨饭、抢劫、偷窃、欺骗、作伪证、谄谀、教唆、赌博、说谎、奉承、威吓、包办选举、滥写文章、星象占卜、下毒药、假充虔诚、毁谤他人，等等，他们做这些邪恶的营生完全是为了糊口。他认为，英国的首相是一个感情冷漠、不知道廉耻的动物，他只知道搜刮钱财，争夺权利和地位。