中臣镰足他们只好静静地等待时机。
　　这样过了一年多，一直到了645年的6月12日。这一天，预定天皇在板盖宫大殿接见朝鲜半岛上的高句丽、百济、新罗等三个国家的使者，身为大臣的苏我入鹿照例要参加这样重要的国事活动。果断的中大兄皇子当即决定，就利用这个机会暗杀苏我入鹿。
　　中臣镰足精密地作好了一切部署。
　　6月12日上午，苏我入鹿傲然带剑走进了板盖宫。他看到皇极天皇已经端坐在宝座上，古人大兄皇子也以皇位继承人的身份站在天皇身边。中大兄皇子事先安排好的宫中艺人立刻笑着迎了上去，同他逗闹，使苏我人鹿误为气氛很轻松，一时松懈，就随便地解下了佩剑，笑吟吟地坐到了大臣席上。外国使臣进入皇宫后，苏我仓山接过外国使臣表示友好的国书，走近天皇开始诵读。这时，中大兄皇子已经在紧张地行动，他让警卫皇宫的士兵关闭了所有的宫门，然后集中到一个地方待命。他自己手持长矛，隐藏在正殿侧面，中臣镰足端弓搭剑担任掩护；由两个宫廷卫士担任刺客，中臣镰足鼓励他们说：“拿出勇气来，冲上去，杀掉他！”
　　可是，这两个人平时被苏我入鹿的威风吓坏了，虽然答应充当刺客，事到临头却害怕起来，畏畏缩缩地不敢行动。
　　按照事先的约定，暗杀应该在诵读国书的时候进行。可是苏我仓山已经快把国书读完了，还不见有人动手，他以为出了意外，看着端坐在大臣席上的苏我入鹿，越来越惊慌，国书读得结结巴巴，冷汗流了满脸。苏我入鹿感到奇怪，问他：“你为什么这样战战兢兢？”苏我仓山勉强回答道：“我离天皇太近了，心中惶恐之至，所以不觉汗流满面。”
　　事情已经到了千钧一发的时刻。
　　中大兄皇子当机立断，大叫一声，奋不顾身地挺着长矛带头冲进了大殿，那两个卫士也就握着剑跟了上去。苏我入鹿还没反应过来，中大兄皇子的长矛已刺中了他的腿，两柄剑也刺伤了他的肩头。苏我入鹿挣扎着爬到天皇的宝座前叩头求救：“不知道我有什么罪？恳请天皇明察！”
　　皇极天皇也惊愕地问：“你为什么要这样干？”
　　中大兄皇子伏在地上回答道：“苏我入鹿一再谋杀皇族，妄图颠覆皇位。天皇家族神圣的血统，怎能让他擅自更改！”
　　皇极天皇听了，觉得自己也推脱不了责任，没有再说什么，起身退回后殿去了。古人大兄皇子虽然不忍心苏我入鹿被杀，但他此时势单力孤，无法相救。转眼之间，苏我入鹿已被杀死。这时，天上下起了大雨，雨水漫进了庭院，苏我入鹿的血水把庭院中的积水都染红了。
　　古人大兄皇子知道自己的后台一完蛋，自己登上天皇宝座的美梦也完蛋了。他回到家中，就闭门谢客，暂时退出了政治舞台。
　　中大兄皇子一边派人把苏我入鹿的尸体送到苏我虾夷家中，一边率众进驻法兴寺，部署防备苏我虾夷的反扑。苏我虾夷听说儿子被杀，立即召集家属和亲信，准备作垂死挣扎。但是，朝中大臣纷纷归附中大兄皇子，苏我虾夷的部下也迅速瓦解。苏我虾夷知道大势已去，在6月13日放火自焚。
　　6月14日，皇极天皇宣布退位。
　　这时，中大兄皇子本可以继承母亲的皇位，但是中臣镰足劝他说：“古人大兄皇子年纪比你大，轻皇子又是你的舅父，你现在就继位，恐怕会被人找到攻击的借口，不如让轻皇子即位，更显得你的政变行动不是为了个人的权位，而是为了国家的存亡。”
　　中大兄皇子接受了他的意见，由轻皇子继位，成为第36代天皇孝德天皇。这不仅表现了中大兄皇子成就大业的政治家气魄，而且也表现了中臣镰足高人一筹的策略水平。孝德天皇立中大兄皇子为太子，任命阿倍内麻吕为左大臣，苏我仓山为右大臣，中臣镰足为内大臣，并且仿效中国建立了日本历史上第一个年号“大化”。