明军主力被歼后，南北两路明军形孤势单，处境不利。是夜，马林军进至尚间崖 (在萨尔浒东北)，得知杜松军战败，不敢前进，将军队分驻三处就地防御。马林为保 存实力，环营挖掘三层堑壕，将火器部队列于壕外，骑兵继后。又命部将潘宗颜、龚念 遂各率万人，分屯大营数里之外，以成犄角之势，并环列战车以阻挡敌骑兵驰突。努尔 哈赤在歼灭杜松军后，即将八旗主力转锋北上，迎击马林军。三月初三，后金军一部骑 兵横冲龚念遂营阵，接着以步兵正面冲击，攻破明军车阵，击败龚军。后金主力进攻尚 间崖后，马林率军迎战。后金以骑兵一部迂回到马军阵后，两面夹攻，大败马林军，夺 占尚间崖。接着率兵击破潘宗颜部，北路明军大部被歼。

　　刘綎所率的南路军因山路崎岖，行动困难，未能按期进至赫图阿拉。因不知西路、 北路已经失利，仍按原定计划向北开进。努尔哈赤击败马林军后，立即移兵南下，迎击 刘军。 为全歼刘军，努尔哈赤采取诱其速进，设伏聚歼的打法，事先以主力在阿布达里岗 (赫图阿拉南)布置埋伏，另以少数士兵冒充明军，穿着明军衣甲，打着明军旗号，持 着杜松令箭，诈称杜松军已迫近赫图阿拉，要刘綎速进。刘綎信以为真，立即下令轻装 急进。三月五日，刘綎先头部队进至阿布达里岗时，遭到伏击，兵败身死。努尔哈赤乘 胜击败其后续部队。 杨镐坐镇沈阳，掌握着一支机动兵力，对三路明军未作任何策应。及至杜松、马林 两军战败后，才慌忙调李如柏军回师。李如柏军行动迟缓，仅至虎拦岗(在清河堡东)。

　　当接到撤退命令时被后金哨探发现，后金哨探在山上鸣螺发出冲击信号，大声呼噪。李 如柏军以为是后金主力发起进攻，惊恐溃逃，自相践踏，死伤1000余人。

　　萨尔浒之战，历时5天，以明军的失败、后金军的胜利而告结束。明军的失败，作 战指挥方面的原因，一是对后金军的作战能力估计不足，情况不明，料敌不确，筹划不 周，准备不充分，因而分进不仅未能达成合击，反遭各个击破。二是主力突出冒进，孤 军深入，陷入重围，全军覆没，并使南北两路也陷入力单势孤的危境，为后金从容转移 兵力，依次各个歼击造成了有利战机。三是杨镐掌握的机动部队置于辽阳，远离前线， 既不能及时策应前队，也不能掩护败退。加上杨镐远处后方，对战况盲无所知，前线又 无人统一指挥和协调各军行动，其失败是必然的。另外，明军作战意图事先泄露，使后 金预有准备，也是失败的一个重要原因。反观努尔哈赤，在作战指挥上运用集中兵力各 个击破的方针是十分成功的，首先，及时探明敌情，适时判明对方进攻的主次方向，正 确决定首先反击对其威胁最大而又孤立突出的杜松军，形成对明军各路的中间突破。其 次，善于集中使用兵力，除以一部扼守要点外，八旗主力始终集中使用于一个方向上， 从而在总兵力处于劣势的情况下，能使每战形成局部优势，保证战斗的胜利。再次，能 发挥其骑兵快速机动的特长，及时迅速转移兵力，既弥补了兵力不足，又使明军猝不及 防。另外，努尔哈赤善于用间行诈，也是取胜的重要原因。

　　后金军此战的胜利，不但使其政权更趋稳固，而且从此夺取了辽东战场的主动权。 而明军自遭此惨败，完全陷入被动，辽东局势顿形危急。此战之后，后金军乘势攻占开 原、铁岭，征服了叶赫部。明由轻忽自大变为软弱妥协。消极保守的战略思想占了主导 地位，直至最后清叩关而入，明朝灭亡。