这一阶段南方占了明显优势。北方失利原因除了南方军队素质高和李的杰出指挥外，更主要是因为北方资产阶级害怕发生革命，不敢明确宣布废除奴隶制度，解放黑人，而幻想通过妥协来重新实现南北统一。

　　林肯不愧是伟大的政治家，他看出要想取得战争的胜利，就必须下决心解决黑人和奴隶制这一核心问题。于是他接受了人民的意见，顺应历史潮流，于1862年9月22日，毅然发表了《解放宣言》，宣布从1863年1月1日起美国400万黑人奴隶获得解放。这一伟大历史文件敲响了南方奴隶制的丧钟。同时，林肯还实行了一系列革命政策，如：颁布《宅地法》，把西部土地分给人民;武装黑人;实行征兵制;改组军事指挥机构，撤换了同情奴隶主、作战消极的麦克莱兰，任命格兰特为总司令，向富人征累进所得税，镇压“铜头蛇”反革命分子，等等。这些措施极大地调动了北方广大人民的积极性，有近百万人踊跃参军，其中有23万黑人士兵。战争从1862年9月进入了“革命战争阶段”。

　　北军司令格兰特和名将谢尔曼共同制定了“总体战略”，即不但消灭敌人军队，还要摧毁敌人的经济基础和敌方居民的战斗意志。正如谢尔曼说的：要使敌人今后几代也不敢发动战争，“我们一定要清除和摧毁一切障碍，如有必要，就杀死每一个人，夺走每一寸土地，没收每一件财物。一句话，破坏我们认为应该破坏的一切东西……”北方军队采取了主动进攻的战术，从1863年起，双方进行了三次大战：

　　一是昌西洛维尔战役。1863年4—5月，北军波托马克军团13万人同李指挥的南军6万人在昌西洛维尔激战。李克服了兵力上的劣势，机动灵活地与北军周旋，以少量兵力正面牵制北军主力，亲率主力迂回包抄北军，从侧翼和背后袭击北军，一举将北军击溃，北军损失了1.7万人，南军损失1.2万人。但南军骁将“石墙”杰克逊被击毙。这是南方取得的最后一次战役的胜利。

　　二是葛底斯堡战役。1863年6月，李军8万攻入宾夕法尼亚州，北方再次告急。林肯急召波托马克军团11万人迎击。

　　这次李低估了对手，以为又和以前一样指挥拙劣，自己能轻易取胜，因此没采用惯用的牵制行动。未料北军已任命悍将米德任军团司令。米德率军在交通枢纽葛底斯堡堵住李军。7月1日，李军向北军防守的高地发起猛攻。第一天便突破北军防线，北军死伤惨重，仅被俘就达5000多人。李得意起来，令部队停下来休息，等待后续部队上来，从而给北军以喘息之机。7月2日下午，南军以300门大炮猛攻，北军奋勇抗击，顶住了南军的攻击。第三天，南军孤注一掷，发起总攻。几个师长旅长亲自挥刀上阵冲锋。北军炮兵以猛烈火力吞噬了一群群南军士兵。但南军不顾惨重伤亡终于冲上北军主阵地公墓岭顶峰，双方展开白刃战。这时北军全线反攻，终将南军全歼。只见北军阵地上到处堆积双方士兵的尸体，南军2个旅长和15个团长全都阵亡，死伤2.8万。北军伤亡也达2.3万。李率军后撤。这次大战是内战中最激烈的一次，战场上有棵树竟身中250弹。这一仗扭转了东线战局，从此北方完全掌握了主动权。

　　三是维克斯堡战役。维克斯堡是控制密西西比河和西部铁路网的战略要地，南军在此严密设防，号称“南方的直布罗陀”。北军几次进攻都失利了。从1863年2月开始，格兰特率3个军团7万多人围攻此堡。因敌工事坚固，几次进攻受挫。格兰特便采取围困战术，切断了敌军所有的供应线。经过几个月围困，堡内敌军弹尽粮绝，连猫、老鼠都被吃光了。

　　北军又连续47天炮轰，迫使南军7月4日举白旗投降。北军共俘敌3.7万，内有15名将军，缴获大炮172门。至此，北方控制了密西西比河，将南方领土一切两半。

　　三次大战后，南军气数已尽，北军士气越来越高，不断发起强大攻势。1863年11月，又取得查塔努加战役胜利，击溃南军4.6万，向南方后方进攻的大门敞开了。