公元1200年,七十一岁的朱熹因病去世。他去世后,党禁渐渐放松,他的学说也渐渐受到重视。到元代时,科举考试要采用他的《四书集注》;而明清两代则把他的学说提到儒学正宗的地位,成为中国封建社会后期的统治思想。日本在江户时代,也流行他的“朱子学”,可见,他的学说的影响是巨大而深远的。
朱熹的重要著作有《四书集注》、《诗集传》、《楚辞集注》、《易本义》、《通鉴纲目》等,后人偏有《朱子语类》和《朱子大全》。