可是“填得满”没有带来吉兆，反是报应。对于洪武末年皇宫下沉的状况，朱元璋无奈的说，他本想找个合适的地方再迁都，可是已经年老体衰，已经办不到了。这座花费了无数钱财和人力修建的南京皇宫，朱元璋仅享用了六年。洪武三十一年(1398年)五月，朱元璋在南京干清宫内死去，这位大明开国皇帝最终也没找到最满意的都城。

　　再加上永乐年间，随着元朝残余势力退至漠北，长江岸边的金陵，就显得离重要的北部边陲过于遥远了。为此，1403年，礼部尚书建议，把北平改为北京，迁都北京。明成祖认为，天子居北，正是居重御轻，可以加强北部边防，就采纳了这个建议。但是，他深知，迁都是一件关乎国家兴亡的头等大事，必须审慎行事。

　　他没有轻举妄动，而是在充分论证的基础上，分阶段、有步骤地进行。他首先正名，有意提高北京的政治地位。下令改北平为北京，升为陪都，称作行在。同时，改北平府为顺天府，并千方百计地提升北京的经济地位。他知道，北京虽然地理位置极端重要，而且是元朝的大都，但是它在经济上却远不及江南，不及金陵。因此，他首先是想方设法使北京繁荣起来。于是，他下令向北京附近大规模地移民屯田，5年之内减免赋税。一些军士，也被放归北京乡里种田。战乱之后，形成大量流民。他下令把流民组织起来，到北京一带去种田。甚至，他又下令释放囚徒，安置在北京周边地区去种田。他还实行了一些优待政策，如向他们免费提供牛具、种子。同时又迁往北京大批工匠，给这些民户以更多的优惠政策。如诏免税粮，赈济优厚等。这就在北京市内形成了工商业。由于这样多年的苦心经营，北京也就逐渐发达繁荣起来。从而，北京初步具备了大都市的规模，可以和金陵相媲美了。

　　1406年，明成祖下令明年6月，正式营建北京宫殿。特派大臣到各有关行省采集巨木。又名大臣陈圭[右加王旁]，主持北京宫殿及北京城市的整个设计营建工程。此后，正式启动的营建工程，就一直进行，从未中断。1420年，北京的宫殿终于建成了。明成祖下令迁都北京。经过18年的曲曲折折，明成祖终于了却了自己多年的宿愿，完成了迁都盛举。从此，北京就成为明清两朝的都城，一直延续至今。北京定为中国的首都，这是明成祖的历史贡献。

　　65岁的明成祖，突然病故在北征蒙古的行军途中。死后，他被葬在北京昌平天寿山的长陵。此陵是在他54岁时建成的。