次年三月，齐军进驻邓城(今湖北襄樊市北)。北魏孝文帝率十余万魏军突然杀到。萧衍和崔慧景领兵与北魏军作战，在雍州西北的邓城被北魏的几万铁骑兵包围。萧衍知道城中粮草和枪械缺乏，就对崔慧景说：“我们远道征战，本来就很疲惫，需要休整，现在又遇到强敌围困。如果军中知道粮草缺乏的实情，肯定会发生兵变。为防万一，我们还是趁敌人立足未稳，鼓舞士气杀出重围为上策。”

　　崔慧景虽然心中忧虑胆怯，但表面上却假装镇静：“北方军队都喜欢游动作战，他们不会夜里攻城的，不久自然回退兵的。况且，我军新败，士卒缺乏斗志，此时主动出击，无异于以卵击石。”否定了萧衍的意见。

　　魏军集结完毕后，便向齐军展开冲击。崔慧景见魏军势众，惊惧失色，便想引军退走。萧衍扣马极谏，崔慧景坚持不从，命士卒打开邓城南门，狼狈向襄阳方向逃走。其他各部见统帅溜了，也纷纷逃散。在经过离邓城不远的闹沟时，败兵争先抢渡，魏军乘势掩杀，齐军死亡无数，闹沟几乎为之断流。

　　萧衍见各路齐军全部逃走，只得整齐队伍，且战且走，也向襄阳方向退去。由于平日约束得法，尽管值此败军之际，部队伤亡甚大，萧衍却仍然全师而归。这次战役后，齐明帝以萧衍为辅国将军，代理雍州刺史。这是永泰三年(498年)七月的事。过了几天，齐明帝便死掉了。

　　萧衍到任后，延揽人才，积极经营，实力迅速膨胀，从此就有了一块固定的根据地，为他几年后东下灭齐、建立梁朝奠定了基础。

　　反对东昏侯

　　齐明帝萧鸾在位只有五年就病死了，他的儿子萧宝卷即位，这就是无能的东昏侯。萧宝卷即位后，以扬州刺史始安王萧遥光、尚书令徐孝嗣、右仆射江祏、右将军萧坦之、侍中江祀、卫尉刘暄为辅政大臣，时称“六贵”。萧宝卷又宠任左右嬖幸茹法珍、梅虫二、丰勇之等八人，号曰“八要”。他治国无术，却很残忍，做皇帝后杀掉了很多大臣，对于一些功臣也不知道爱护，妄加杀戮。他猜疑雍州(治今湖北襄樊)刺史萧衍对朝廷图谋不轨，遂派人前往行刺。不料，行刺者未照旨行事，反把此事告诉了萧衍。萧衍逐渐和他对立起来。

　　500年11月，萧衍召集部将说，主上(指萧宝卷)昏瞆暴虐，罪恶超过商纣王，我决定和大家一起废除他，另立新帝，以兴旺国家。随即建立大本营，集结部众，拥兵万余人，战马千余匹，船舰3000多艘，积极准备推翻齐帝。萧宝卷得知萧衍举兵起事的消息，即派辅国将军、巴西、梓潼二郡太守刘山阳率军3000人在上任途经江陵(今属湖北)时，会合西郎中长史萧颖胄袭击雍州，消灭萧衍。

　　萧衍得到这个消息，对诸将说：“襄阳地处边陲，连年征战，人杰地灵。荆州人素来畏惧襄阳人。他们如果不随我起兵，我便率军前去征战，打败他们简直就像捡拾地芥那样容易，估计这种可能性不大。荆、雍二州唇齿相依，他们响应我的可能性极大。到那时，我和荆、襄二州之兵，顺江东下，势如破竹，即使韩信、白起复生，也不能阻挡我，何况昏君当朝，将士离心!”他决定以计谋分化敌军阵营，逼反萧颖胄。

　　首先，他派参军王天虎到江陵(今属湖北)，向荆州各处散发传单，声言：“刘山阳此次西上，要一并剿灭荆、雍二州。”各处得到传单后，皆惶恐不安，人心大乱。

　　不久，刘山阳来到巴陵(今湖南岳阳)。萧衍又命王天虎前往荆州，随身携带他写给萧颖胄及其弟萧颖达的两封书信。王天虎走后，萧衍对自己的舅舅张弘策说：“《孙子兵法》上说：‘用兵之道，攻心为上，攻城次之，心战为上，兵战次之。’我如今就是照此办事。前些日子，我派王天虎到荆州，很多人都接到了我的书信，信中所言甚详。现在我写给萧颖胄兄弟的两封信，信中却没有什么具体内容。信中只是说：‘以王天虎口信为准。’其实我什么也没对王天虎说，王天虎到荆州后当然什么也就说不出什么来。而王天虎又和萧颖胄的关系甚好。这样，荆州的人们必然怀疑萧颖胄和王天虎隐瞒了什么，因而人人生疑。刘山阳得知这个消息，也必然对萧颖胄有所怀疑。萧颖胄进退两难，必然中我的计谋。此计若成，便是以两封空函平定一个州啊!”张弘策连连点头称是，对萧衍的智谋深为佩服。