齐明帝不但屠戮高、武子孙，对一些功臣宿将也横加猜忌，晚年尤甚。功臣宿将人人自危，纷纷寻找出路。498年4月，大司马、会稽太守王敬则起兵反抗齐明帝，几天之中聚众十万人，一直攻打到建康附近。这次叛乱虽然很快便被平定，但也给齐明帝以很大打击。不久，他便在忧惧中死去。

　　处在变乱之秋，萧衍不但在军事上屡立战功，在政治上也有出色的表演。他深谙韬晦之略，处处藏其锋芒，以避免刻薄寡恩的齐明帝的猜忌。他从不居功自傲，总是把功劳归于齐明帝的英明决策和属下将士的英勇善战。每当得胜回潮，他总是主动上交兵权，遣散部曲。齐明帝性喜节俭，萧衍也刻意仿效。他衣着朴素，饮食简单，有事出门时从不招摇，经常乘坐简陋的牛车。几年的韬光养晦，取得了很大的成效。萧衍的品德才干，得到了朝野士大夫、文臣武将们的普遍赞誉，齐明帝也对他另眼看待。因此，尽管齐明帝猜忌群臣，专事诛戮，却始终对他恩宠如一，视为心腹。

　　495年，北魏孝文帝乘南齐内乱，率兵大举南伐，派大将刘昶、王肃进攻司州(今河南信阳)。刘昶是宋文帝的第九个儿子，曾任徐州刺史。465年，宋前废帝刘子业诬刘昶谋反，派兵讨伐。刘昶武装反抗失败，被迫丢弃家小，只携一名爱妾逃往北魏。因他学识广博，颇有文采，北魏很重视他，妻以公主，拜为侍中、征南将军。

　　王肃的父亲王奂，曾任南齐雍州刺史。493年，王奂因事触怒齐武帝，满门被诛杀，只有王肃得以逃脱，奔往北魏。王肃出身世家大族，熟悉典章制度。北魏孝文帝对他很重视，多次亲自召见他，商讨军国大事。北魏的各种典章制度，大多出自王肃之手。他在孝文帝改革中，起了重大作用。此时任辅国将军、大将军长史。

　　刘、王二人身为南朝叛将而见重于北魏，自然对孝文帝感恩戴德，矢志效忠。两人率大军二十万，将义阳城(今河南信阳北)围得水泄不通。魏军昼夜攻打，义阳危在旦夕。

　　得知义阳危机，齐明帝萧鸾先派左卫将军崔慧景、宁朔将军裴叔业领兵迎战。听到北魏军队分兵攻打义阳后，又派遣萧衍和平北将军王广之领兵救援。可是，当部队行进到距义阳一百里的地方时，听说北魏军队人强马壮，齐军将领们都畏惧魏军的强大，再也不敢前进了。

　　这时，萧衍挺身而出，主动要求担任先锋。王广之见状大喜，将手下精兵悉数交付萧衍。萧衍率军连夜进发。他避开大路，专取捷径，很快抵达义阳城外的贤首山，然后命令士兵将旗帜插满了山上山下。此地距魏军阵地仅有几里路程，但齐军抵达时，魏军根本没有发觉。

　　等到天一亮，魏军突然发现贤首山上遍插齐军旗帜，因为不明齐军虚实，所以不敢轻举妄动。而义阳城中的齐军看到后，以为重兵已经赶到给他们解围来了，于是士气大增。司州刺史萧诞下令打开城门，亲率齐军扑向魏军大寨，同时顺风放火。萧衍见状，也率山上齐军冲下山来。萧衍亲自上阵，摇旗擂鼓助威，齐军士气高昂，个个奋勇杀敌。魏军腹背受敌，顿时大乱，自相践踏，死者不计其数。山谷间到处都是魏军的尸体，鲜血把河水都染红了。王肃、刘昶弹压不住，只好退走。齐军最终取得了这场战役的胜利。

　　清点战利品时，一个士兵发现了一箱文件，连忙献给主将。这些文件中有一封北魏孝文帝刚刚发来的敕书，敕书上写道：“听说齐军中有一个名叫萧衍的将军，非常善于用兵，你们如果和他相遇，一定要倍加小心，最好是坚壁不战，等我率大军赶来。如果上天保佑，擒得此人，则江南不难平定。”这个消息很快在齐军中传播开来。从此，萧衍的声威大振。萧衍也因战功而升任太子中庶子。

　　497年10月，北魏孝武帝亲自率领大军进攻雍州(今湖北襄阳)。雍州在当时控扼南北，为汉水上游重镇。雍州刺史曹武率众抵抗，屡为魏军所败。齐明帝连忙命萧衍和右军司马张稷赴援。接着，又命度支尚书崔慧景总督雍州诸军。他们到达襄阳时，雍州的五个郡已被魏军攻陷。