秦良玉一心为国，率三万石柱兵到达夔州。邵捷春令她把部分士兵移近重庆，与附近守将张令相倚为声援。不久，劭捷春又抽调一万五千石柱兵，进入重庆与官军共同把守坚城。

　　秦良玉深知邵捷春之策甚愚，但她又不愿违背命令。恰好此时绵州知州陆逊之路过，见秦良玉军容严整，赞叹不已，秦良玉叹息说：“我军严整于事无补。邵捷春不明兵法，张令所部明军守黄泥洼一带，农民军盘踞归山、巫山，居高临下。如果农民军自上而下攻击官军，张令部必败。张令一败，必然波及白杆兵。白杆兵一败，谁又能救重庆之急?”陆逊之大惊，问有什么办法，秦良玉认为：“绝不能坐防坚城，应先发制人，与农民军争夺巫山。”

　　陆逊之立即把消息转告给邵捷春，可惜晚了一步。张献忠农民军于十月五日在土地岭(今重庆市奉节县草堂镇)率先向明军发动进攻，杀明军五千多人。次日，张献忠手下白袍小将李定国当阵射杀号称“神弩将”的明军老将张令，明军一败涂地。不仅张令一军尽覆，秦良玉手下三万多白杆兵也全军覆没，致使最后秦良玉仅单骑逃返重庆，遭遇其平生未有之惨败。

　　此役过后，杨嗣昌围困农民军于川地的“圆盘战略”完全破产，川鄂交界地带三十二隘口全部落入农民军之手，蜀中大乱。

　　损失如此惨重，秦良玉并未灰心丧气，她对邵捷春说：“事态危急，可以尽发溪峒兵卒，人数可达三万，我本人出资出粮可供饷其中的一万人，朝廷供饷另外一万人。如果布置妥当，应该还能与贼寇周旋。” 邵捷春低头，良久不言。时势至此，这位文人巡抚已经全然死心。从他自己角度考虑问题，丧兵失地不说，官仓中已无粮养兵，而溪峒兵卒又属土蛮，反复不测，如果这些人再趁乱闹兵变，他邵捷春三族不保。读书多，顾虑就多。顾虑多，定议就少。

　　劭捷春最终婉言拒绝秦良玉提出的计划。

　　秦良玉叹息而归。其计不用，自然全川溃烂不可收拾。张献忠所部蹂躏各地，杀人无算，四川广大地区人民陷入了地狱般的苦难。而邵捷春本人，自然难逃罪责，不久被逮入诏狱，服毒自杀。

　　〔愚昧、阴险的杨嗣昌也没有什么好下场。一年后，李自成农民军攻陷洛阳，杀福王朱常洵;没多久，张献忠农民军又克襄阳，杀襄王朱翊铭。杨嗣昌又愧又恨，服毒而死。〕

　　一腔碧血染丹青

　　崇祯十七年(公元1644年)，李自成农民军攻入北京，崇祯皇帝上吊自杀。消息传来，深受明恩的秦良玉服孝痛哭，几次昏绝，哀恸左右。

　　张献忠农民军此时尽陷湖广，又向四川杀来。秦良玉向督师陈士奇呈献《全蜀形势图》，希望官军能增兵坚守蜀地十三处险隘。陈士奇不予采纳。秦良玉不死心，又推心泣血地向四川巡按刘之勃建议，刘之勃倒是同意她的计策，但他本人手中无兵可发。

　　张献忠所部数十万长驱直犯夔州。秦良玉驰援，由于众寡太悬殊，兵败而去。她的失败，标志着四川的彻底沦陷，川、黔两省再无明军。张献忠相继攻克重庆、成都，并在当年年底称帝，建立“大西”政权。

　　张献忠占领蜀地，只有遵义、黎州及石柱地区未归于“大西”。慑于秦良玉威名，张献忠部无一兵一将敢于入犯石柱。

　　投降张献忠的明朝官员急于向新主子邀功，向各地土司送去伪政权印信，各地土司大多畏惧接受。秦良玉接到印信，马上当众毁之，慷慨言道：“我兄弟二人皆为国家战死，我作为一个妇人蒙国恩二十年，今不幸至此地步，怎能以残余之年投降逆贼!石柱一地有敢从贼者，族诛之!”

　　不久，又有噩耗传来，马祥麟被明廷征调到湖广御敌，战死于襄阳。秦良玉泪下如雨，心如刀割。秦氏、马氏二族，可称上是二门忠烈，数年之间，死于国事者甚众。

　　隆武二年(即清顺治三年、公元1646年)南明隆武帝封秦良玉忠州侯，加太保，兼太子太保，诏令东援福州。秦良玉虽年逾古稀，仍坚持奉诏，准备出发。不料郑芝龙(即民族英雄郑成功的父亲)叛变，清兵攻陷福州，隆武帝被擒后死难，终未能成行。

　　永历二年(即清顺治五年、公元1648年)二月，在西南颠沛流离的南明永历帝派人加封秦良玉太子太傅，授“四川招讨使”。久卧病床的一代女豪杰，闻之瞿然而起，拜伏受诏，感泣道：“老妇人朽骨余生，实先皇帝(崇祯)恩赐，定当负弩前驱，以报皇恩!”