天启二年五月，秦良玉率部夺取重庆门户二郎关，汇合贵州方面明军，大举进逼重庆。奢崇明奋力固守，明军势不可当，于二十八日收复重庆，奢崇明退守老巢永宁。

　　明军设疑兵于纳溪，佯为进攻，而主力由长宁突然进兵永宁，秦良玉所部连战皆捷。奢崇明父子率余部败退水西龙场。四川总兵李维新所部明军进兵龙场，擒获奢崇明妻安氏、弟奢崇辉及叛军大学士、经略、丞相、总督等文官武将多人，斩首万余人，奢崇明父子受伤而逃，不久皆亡，平叛战争宣告结束。

　　战后，秦良玉以首功授都督佥事(正二品)、加总兵衔，正式以女子之身跻身明军高级将领之列，美名传遍全国，百姓皆知“古有花木兰，今有秦良玉。”同时，马祥麟升四川宣慰使(从三品)，秦民屏升副总兵，秦翼明、秦拱明皆升参将。

　　然而，明朝毕竟气数已尽，各地造反层出不穷。不到一年，水西土司安邦彦又反。虽不久即被镇压，但秦民屏在此役中战死，秦良玉又失去一位亲人。

　　勤王赴难有英雌

　　随着时光推移，权阉魏忠贤、后金皇太极以及高迎祥、张献忠、李自成等人你方唱罢我登场，明朝局势越发不可收拾。不过由于石柱地处西南，暂时没有受到太大的波及。

　　崇祯二年(公元1629年)，清朝皇太极率精锐八旗兵十万绕道蒙古，进逼京师。随后遵化、永平等四城失守、袁崇焕驰援京师、德胜门大战、广渠门大战、袁崇焕被捕下狱、关宁铁骑擅自东归等一系列事件接连发生，天下震动。

　　皇太极虽撤军，但仍留下大批八旗兵驻守遵化、永平等四城，意图作为他日再犯的根据地。此时，孙承宗临危受命，以兵部尚书身份准备收复遵化、永平等四城，并下令征召全国军队入京。

　　正是在此背景下，秦良玉再次收到勤王诏书。秦良玉即刻提兵赴难，星夜兼程，直抵京师宣武门。京师百姓听说秦良玉和白杆兵已至，纷纷前来观看，致使道路为之堵塞。

　　当时，闻诏而至的各路勤王官军共二十万有余，但都畏惧八旗兵的狠武，无人带头出战，唯有秦良玉所部按命令主动进攻。白杆兵人数虽然仅有数千，但一直为八旗兵所忌惮。昔日浑河血战，让八旗兵再也忘不了这些身体矮小手持超长锐矛的士兵。最终在孙承宗的指挥下，迫使清兵接连放弃滦州、永平、迁安、遵化四城，撤围而去。

　　〔由于山海关一直在明军掌握之中，清兵难以补给，并且存在遭到首尾截击的危险，应该是清兵撤兵的主因〕

　　不久，秦良玉率白杆兵返乡，而马祥麟也从山海关南下汇合，母子相见，自有一番唏嘘。由于当时流贼张献忠、罗汝才等起义军自湖广进攻四川，明廷诏令秦良玉“专办蜀贼”，负责守御川地。

　　有心杀贼难回天

　　崇祯七年，张献忠军破夔州(今重庆市奉节县)，进围太平，秦良玉率兵赶至，贼寇慑于秦良玉及其手下白杆兵威名，仓惶逃走，川东大定。

　　然而农民军的势力在四处流窜中越发壮大，以李自成、张献忠、罗汝才为首的几支农民军，在多次反复起伏的战争实践中，渐趋成熟，军事上实施运动流动作战，开始向明军战略要点进行机动进攻。

　　崇祯十三年初，罗汝才农民军进入巫山，为秦良玉阻遏。于是，这位绰号“曹操”的黠贼突然进攻夔州，又被秦良玉率兵击走。不久，秦良玉率兵在马家寨邀击贼军，杀其骁将“东山虎”，斩首六百余级。秦良玉率马祥麟乘胜在谭家坪、仙寺岭连败贼寇，夺得罗汝才主帅大纛，并生擒其副手“塌天”。

　　数役下来，秦良玉部斩贼兵近万，获甲杖马骡无算，贼尸横陈遍山谷。罗汝才率残部遁走大宁，与张献忠在巫山一带合军后，贼势复炽，越过巴雳河，严重威胁到四川大部分地区。

　　此时总管剿灭农民军的明廷大员是东阁大学士、督师杨嗣昌。杨嗣昌本人是湖广人，他的初始战略就是想尽驱张献忠等部农民军入川。杨嗣昌的如意算盘是：以川地险远，极边之地乃松潘蛮部，贼兵入川后，四川明军能守则守，不能守则放弃部分地区，诱敌深入。然后，陕西明军断栈道，临白水制敌;云南明军屯曲靖，扼守白石江。而杨嗣昌本人则可率明军主力掩击农民军，把他们驰至松潘诸蛮部落的地盘，听任当地土人剿杀。

　　杨嗣昌此计，既愚昧又阴险。愚昧的是，他纸上谈兵，以为川地崎岖险峻，必能困住农民军;阴险的是，他驱张献忠等农民军入四川，自己没有丧地的责任，四川巡抚是邵捷春，丢地丧兵，责任皆由他负。杨嗣昌本人自可坐观成败，时刻准备去摘熟落的“桃子”。由于担心四川当地官军扼守险隘会导致张献忠急红眼反扑湖广，杨嗣昌又使阴招，依仗自己的威权，把大批四川精兵调出，只留二万弱疲士卒给邵捷春守重庆。