论功行赏时，石柱白杆兵战功卓著，被列为川南路第一有功之军，秦良玉初露锋芒，立下汗马功劳。朝廷因秦良玉为女性而未授职，赐以银牌十面、锦缎百匹，“女将军”的英名远播四方。而马千乘、秦良玉夫妻并未因此骄矜，仍一如既往地练兵、生活。

　　〔说起此次杨应龙叛乱，在历史上并未留下太多痕迹，最大的影响，可能是明朝廷自此以后将播州一分为二，分属四川、贵州两省，置遵义军民府，乃有今日之贵州，以及今日之遵义。〕

　　天降横祸拆鸳鸯

　　时光在平淡中流逝，十几年转瞬即过。秦良玉夫妻和睦，石柱被治理得井井有条，独子马祥麟也成长为一个英俊少年，生活似乎十分平静而祥和。然而上天总是不会让人生一帆风顺，秦良玉肯定不会想到自己即将面临人生中的第一个重大打击。

　　万历四十一年(公元1613年)，锦衣卫突然出现在石柱，宣读圣旨，以石柱部民状告马千乘为由，将马千乘逮入云阳狱。秦良玉大惊之余，立即四处活动，打听到事情的真正缘由。

　　此时的大明王朝，事实上已经是外表光鲜，内里摇摇欲坠，一代名臣张居正改革所取得的成果早已消耗一空。神宗皇帝不上朝已经二十多年，文官热衷于党争，武将致力于贪饷，政治军事形势恶化不说，经济形势也是十分糟糕，岁收远远不能满足国家财政支出的需要，国库常常空得能饿死老鼠。

　　于是明神宗想出了开矿敛财的招数，向各地派出大量宦官充任矿监，四处寻找可以开采的矿脉。而税监在聚敛财富的过程中，经常是无中生有，随意征用民夫矿徒开采，并且到处竖旗建厂，巧立名目，穷乡僻壤，米盐鸡豕，无不征税，百姓陷入了更深的灾难。朝野反对声不绝于耳，而明神宗充耳不闻。

　　正是在这种大环境下，四川矿税总监邱乘云来到石柱。邱乘云以石柱有银矿为由，下令凡居住在矿脉之上的百姓一个月内全部搬迁，官府不给予任何补偿。

　　百姓们十分恐慌，想到宣抚使马千乘历来爱民如子，只有求他代为说情。马千乘与秦良玉商议后，自己拿了五千两白银送上，请求勿骚扰百姓。邱乘云见钱眼开，同意了，不过要求贿银再加一万两。当地官民又凑了一万两白银奉上。

　　不料消息走漏，邱乘云臭名扬于外。他不由迁怒于马千乘，便将这一万五千两白银送往京城，面呈明神宗。并附密奏一道，称：“石柱土司马千乘向奴婢行贿白银一万五千两，阻挠开矿。现将此银献与皇上，听候处置。”明神宗见报，下诏将马千乘逮入大牢，听候查处。

　　弄清楚了前因后果，秦良玉立刻四下里奔波营救。可是这个时期的朝廷基本处于“无政府”状态。皇帝不见大臣，内阁只有首辅叶向高一人累死累活，刑部更是连尚书和侍郎都缺人，衙署空空，无人理政。秦良玉在京师四处疏通，毫无进展。马千乘在狱中关了三年多，竟然连罪名也无一个。他郁闷百结，难以释怀，最终病殁于狱中。

　　这一下，石柱一带民情激愤，人人都要拿下邱乘云为马千乘抵命。邱乘云手下那些开矿的爪牙，也被石柱军民打得抱头鼠窜。一下子变成孤儿寡母的秦良玉强忍住失夫的悲痛，以大义为重，殡敛丈夫后，未生出任何不臣之心，反而亲自安抚石柱军民。

　　事情捅到明神宗那里，两种说法互相矛盾。明神宗也不想把事情闹大，也就含糊过去算了。邱乘云知道地头蛇不好惹，也就罢了手，另寻财路。

　　最终，明神宗毕竟觉得有愧，仍保留了马千乘石柱宣抚使的世袭职位。而这时马家的独子马祥麟尚未及冠，兵部鉴于秦良玉作战有功，文武兼长，所以授命她继任了丈夫的宣抚使职务。

　　秦良玉毅然接过丈夫遗留下来的千斤重担，继续训练白杆兵，管理石柱民众，尽心尽力，保住了石柱的安谧昌平。

　　〔说来苍天有眼。数年后的某夜，邱乘云在重庆府衙内，不知被何人取走了他的脑袋，他生前所得的赃银六十余万，也都作为矿税归入皇家内库。此举是否是武艺高强的秦良玉所为，也是一个永远的谜了。〕

　　碧血忠魂守辽东

　　随着后金努尔哈赤的崛起，大明的形势日益恶化。 万历四十六年正月，努尔哈赤以“七大恨”誓师攻明，四月陷抚顺。

　　万历四十七年四月，历史上著名的萨尔浒之战爆发，明军大败，名将杜松、刘珽(就是在抗倭援朝战争及平定播州杨应龙叛乱中均立下大功的那位)皆阵亡，士兵身亡者四万五千余人。