从明末到清代中叶的百余年间，金鱼的变异不大，新品种很少，只出现了缺少背鳍的鱼，即今之龙背，但与现在的龙背种相比，眼球并未突出。到了晚清以后，金鱼养殖更为普及，从无意识的选鱼过渡到有意识的选种阶段，金鱼品种出现了较多品种。

　　如句曲山农著(1848年)《金鱼图谱》时，新的变异还不很多，但品种却较前大大增加，图谱中已列14种，均是多种花色的变化，体型仍为眼球突出、背上缺鳍、短身三种。

　　到1893年时，由于饲养技术进步，变异又有增多。据《竹叶亭杂记》载：“龙睛鱼中不仅有身黑如墨，至尺余不变的墨龙睛外，尚有纯红、纯翠，又有大片红花者，红碎红点者，虎皮者，红白翠黑什花者。”“色彩变幻，花样不能细述”。由此可见，当时除墨龙睛外还有红龙睛、花龙睛、玻璃花龙睛、彩色龙睛等。当时蛋鱼也有红蛋、花蛋、玻璃花蛋、彩蛋等等;狮子头也不止一种，纯白而红其首者为鹅头红，仅为其中一佳品而已。

　　另外，当时文鱼色彩亦有多种，而且也有头上生肉，身白头红的鹤顶红。再加上金鲫形金鱼，此时品种已超过20种，若加上红白相间花色变化，品种数量较前大大增加，史料上记载也比过去详细。

　　到1904年，饲养方法更趋完善，记载金鱼新的变异产生、杂交遗传及饲养方法的著作大量出现。此时新增品种有望天眼(望天龙)、虎头(鹅头)、绒球等;此外，还有水泡眼、翻鳃、蓝紫珍珠鳞等品种，这一阶段金鱼品种估计有30种以上。

　　从清末到抗日战争前的30多年里，随着遗传科学的发展，人们采取多种杂交方法产生了新的变异，并对这些变异由来、形成原因、遗传性能作了详尽系统的理论研究。

　　陈桢在金鱼研究史上占有重要的位置，1925年先后发表不少文章，首先阐明了金鱼的家化史以及各品种形成的原因。据陈桢著作，色彩中出现了蓝色(普通金鳞)和紫色，外形上变异出翻鳃和水泡眼，鳞片变异出珍珠鳞。1934年陈桢又利用紫色鱼和蓝色鱼杂交，诞生了新的紫蓝花色。

　　许和在1935年编著的《金鱼丛谈》中，对当时的品种做了详细记载，当时上海金鱼已约有70余种。新添的品种有龙睛球、珍珠龙睛、龙眼水泡眼、朱砂眼、银蛋、蓝蛋球、青蛋球、蛋种翻鳃、望天眼等品种，当时品种多为珍珠鳞的变异，出现了珍珠蛋、珍珠翻鳃、珍珠望天、珍珠水泡、珍珠虎头等。翻鳃的变异也很大，有虎头翻鳃、水泡翻鳃、狮子头翻鳃、绒球翻鳃和蛤蟆头翻鳃等;尾鳍大如摺扇的扇尾品种也出现了。

　　抗日战争胜利后，对金鱼养殖业不重视，过去损失的品种不少仍未恢复，当时整个饲养业依旧衰败不振。1950年沪、杭一带流行品种仅有30多种，其中新的品种有黄高头、玉印头、虎头龙睛、彩色蛋球、元宝红等。

　　高新理论、高新技术在金鱼业的应用，不仅恢复了过去遗失的一些珍品，还涌现出许多新的优良品种。在头形、色彩上的变异极为丰富，新添的品种有蓝望天、蓝水泡、墨水泡、蓝鹅头、紫丹凤;同时出现了朝天龙、灯泡眼、龙背灯泡眼、虎头龙背灯泡眼;鳞片变异出彩色珍珠、紫珍珠、凤尾珍珠、珍珠鹅头、玻璃水泡、玻璃丹凤、玻璃朝天龙、素蓝花等，品种达160余种。

　　如此之多的金鱼如何加以识别呢?有人将它们分成四大类：

　　草种：草金鱼(野金鱼)的品类。这些鱼生长在河湖水坑中，主要特征是身形狭长，扁尖头、小眼睛、单尾鳍。是饲养金鱼的近祖，目前在国内仍有分布。

　　文种：指体形两头尖、嘴尖、小眼、有背鳍和长有4尾大尾鳍的金鱼。如珍珠鱼、鹅头鱼等，因为这些鱼是从文鱼演化而来的。

　　龙种：指有背鳍、眼球突出眼眶外、大尾鳍一类的鱼，有龙睛、帽子等品种。

　　蛋种：指无背鳍，体呈鸭蛋圆形，尾鳍小的一些品种，如虎头、水泡眼等。